Program Południowy Bałtyk opiera się na trzech osiach, w ramach których mogą być realizowane projekty. Pierwsza oś, to „Konkurencyjność gospodarcza”, na którą przeznaczonych jest około 36% wszystkich środków.
Jej celem jest szeroko pojęty rozwój gospodarczy regionu przejawiający się rozwoju przedsiębiorczości i rynków pracy.
Wspiera także rozbudowę infrastruktury transportowej. Oś druga, na którą przeznaczono ponad połowę dostępnych środków, to „Atrakcyjność i wspólna tożsamość”.